”知其然，而不知其所以然”出自哪本书

最早的完全用这个句式是在哪本书中不明。但查语料库的结果是，这句话这样说，不晚于清朝（清白话小说中已有）。
至于单说“知其然”或“不知其所以然”，都可以上溯至先秦时，如《庄子》中就有“今予动吾天机，而不知其所以然。”

最早讨论知其然与知其所以然的关系，也就是这句话在意思上的源头，应该北宋时朱熹。
朱熹的《建宁府建阳县长滩社仓记》中有：“蒙惠者虽知其然，而未必知其所以然也。”句式最近。
而在《朱子语类》中，多次出现讨论知其然与知其所以然的关系问题。
《朱子语类》卷九，《论知行》篇中说：
“不可去名上理会。须求其所以然。”
“‘事要知其所以然。’指花斛曰：‘此两个花斛，打破一个，一个在。若只恁地，是人知得，说得。须知所以破，所以不破者如何。’”
卷二十三，讲《论语》时有：
问：“‘四十而不惑’，是知其然；‘五十知天命’，是其所以然。如此说得否？”曰：“如门前有一溪，其先得知溪中有水，其后知得水源头发源处。如 ‘天命之谓性，率性之谓道’。四十时是见得那‘率性之谓道’；五十时是见他 ‘天命之谓性’。到六十时，是见得那道理烂熟后，不待思量，过耳便晓。”

最早讨论知其然与知其所以然的关系，也就是这句话在意思上的源头，应该北宋时朱熹。
朱熹的《建宁府建阳县长滩社仓记》中有：“蒙惠者虽知其然，而未必知其所以然也。”句式最近。
而在《朱子语类》中，多次出现讨论知其然与知其所以然的关系问题。
《朱子语类》卷九，《论知行》篇中说：
“不可去名上理会。须求其所以然。”
“‘事要知其所以然。’指花斛曰：‘此两个花斛，打破一个，一个在。若只恁地，是人知得，说得。须知所以破，所以不破者如何。’”
卷二十三，讲《论语》时有：
问：“‘四十而不惑’，是知其然；‘五十知天命’，是其所以然。如此说得否？”曰：“如门前有一溪，其先得知溪中有水，其后知得水源头发源处。如 ‘天命之谓性，率性之谓道’。四十时是见得那‘率性之谓道’；五十时是见他 ‘天命之谓性’。到六十时，是见得那道理烂熟后，不待思量，过耳便晓。”