柯南高手来回答！

001云霄飞车杀人事件(变小)
005 新干线大爆破事件
043江户川柯南诱拐事件(父母知道变小)
048~049外交官杀人事件(平次登场，第一次恢复)
054 电玩公司杀人事件
230~231 诡密的乘客(扮成新出医生的贝尔摩)
057~058福尔摩斯迷杀人事件(平次知道身份)
128黑暗组织10亿元抢劫事件
129来自黑暗组织的女子大学教授杀人事件(哀登场)
176~178 与黑暗组织的再会
188~193 危命的复活 (哀研制出实验药品，新一短暂恢复)
219 名侦探的会集！新一vs怪盗KID (KID知道新一身份)
258~259 来自芝加哥的男子(FBI头头登场)
284~285中华街雨中的似曾相识
286~288工藤新一NY事件(这几集是小兰的回忆，和秀一以及贝尔摩第一次见面)
307~308 遗留下来的无声证言(发现黑暗组织的线索)
309~311 与黑暗组织的接触
340~341 厕所隐藏的秘密
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲)
386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲)
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲) (问出黑暗组织BOSS邮箱的音乐符号)
425 黑色的冲击！黑色组织魔爪伸来的瞬间(水无怜奈登场，小五郎受到怀疑，若不是秀一就挂掉了)
429 无法归来的二人（前篇）
430 无法归来的二人（后篇） (本堂瑛佑登场)

还有些集案件本身没什么，其间就一两句话和组织的事有点关系或者哀的话暗藏玄机

130，131竞技场无差别胁迫事件
222，223，224招致死亡的人鱼传说（人鱼小岛签名册有宫野志保的名字）
242元太的灾难（好像提到GIN是左撇子)
246，247网中的谜事件（哀和兰握手）
279，280迷宫的阴暗（这集哀说了很多话）
312，313染上夕阳的布偶（哀说了关于夕阳的话）
还有新出的PPl以后会出的
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