用杀毒软件清除毒后是否也清除了注册表中病毒的键值?

不一定
那要看你的杀毒软件是否扫描过了注册表
还有就是杀毒软件不行就算扫描了注册表也不一定能查出毒来（在有毒的情况下）

没有，有许多病毒的效果是自动安装或生成某程序，这根大多数文件效果一样，因此，杀毒软件无法辨认。