关于农民利益受到侵害应该向哪个部门申诉？

是什么利益啊。
如果是工资之类的，可以向劳动部门反映。如果是涉及到建筑工程的工资的，还可以向建委反映。
每年年底，都会掀起一个为农民工维权的小高潮的。

不具体，农民利益有很多，如家庭财产、土地、劳动报酬、福利待遇、医疗保险、生产、农业水利等许多种类，需要明确列举出来才好解释。