新企业会计准则中，金融机构存在证券营业部的保证金应计入那个科目？

根据《企业会计准则应用指南——会计科目和主要账务处理》的规定：

1012其他货币资金，核算企业的银行汇票存款、银行本票存款、信用卡存款、信用证保证金存款、存出投资款、外埠存款等其他货币资金。

1021结算备付金，核算企业（证券）为证券交易的资金清算与交收而存入指定清算代理机构的款项。

1031存出保证金，核算企业（金融）因办理业务需要存出或交纳的各种保证金款项。

因此，对于题中情况，“1012其他货币资金”科目适用一般企业，“1021结算备付金”科目适用证券企业的证券交易清算资金，只有“1031存出保证金”科目适用核算题中情形。

关于补充问题。

题中企业因参与证券交易活动而存放在证券交易所的保证金，可以比照计入“结算备付金”科目中核算，但一般企业计入“其他货币资金”科目为妥。