有没有人知道能否在一个工厂注册两个公司名称？或者租赁厂房？都要有些什么手续那？

可以的
不需要什么手续
只要你们双方签好租房协议
对方注册公司时还需你们工厂的房产证复印件即可

比如你们工厂地址和注册地址均为XX市XX路125号
你们租赁给对方的比如是XX市XX路125号101室和102室
对方的营业执照上的地址就会是XX市XX路125号101室和XX市XX路125号102室

要房东到房产交易中心办理分户之后，就可以的
你自己改改是不行的。不可能你说突然多出来一个102室就是可以的。

比如你们工厂地址和注册地址均为XX市XX路125号
你们租赁给对方的比如是XX市XX路125号101室和102室
对方的营业执照上的地址就会是XX市XX路125号101室和XX市XX路125号102室