公司开出一份给客户的增值税发票，遗失了发票联和抵扣联

写一份说明,说明情况,带上说明,发票记账联复印件 到你公司主管税务机关,让你公司主管税务机关出具证明,证明贵公司确已开过此发票并已经纳税,将此证明交给客户.由客户带着此证明, 贵公司发票复印件,情况说明,到当地的主管税务机关办理就行了.

国家税务总局《关于修订<增值税专用发票使用规定>的通知》(国税发〔2006〕156号 )
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第二十八条 一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》（附件5），经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查；如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联到主管税务机关认证，专用发票发票联复印件留存备查。
一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。
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按此规定购货方可以抵扣进项，但开票方要做登报声明，同时税务机关要做相应的处罚。

第一步,做抄报税处理.并写情况说明,在你的主管税务机关申请开具《丢失增值税专用发票已报税证明单》.
第二步,将记帐联复印和《丢失增值税专用发票已报税证明单》一并交给购方,购方主管税务机关对复印件进行认证后,可做抵扣进项.