我遇到了一个麻烦的出口问题...

你签的合同怎么规定的检验条款？是对方国家商检局检验合格后才能付款吗？这是明显的非常不利的软条款，一可能是你货的确双方检验标准宽严不一；二可能客户不想要货了，以此为理由拒收货。
但是韩国船期这么短，辣椒又是鲜货，第二个理由不太可能。前者的可能性大一些。
总之你说的国家找茬的事不可能存在。这是民主自由的韩国，法律是真正起作用的，你以为是中国啊，想怎么样有钱就可以摆平？
你要考虑，一是这样的条款不能接受，二是和客户协商处理。不要胡乱怀疑了。

合同中是怎样签的？辣椒在出口的时候应该要商检，韩国收到货以后，如果说检验不合格，要他们官方海关或检验检疫机构出具商检证明，弄清责任出在发货方还是运输途中（船公司方），如果对方认定是我方发货时质量问题，应该是由双方检验标准的不同造成的，而这时合同中有规定韩方凭我方出具检验单等单据付款，很明显违约的一方是他。