公司的这种行为合法吗?

非法.
注册资本是企业向工商行政管理机关登记注册的资本总额，注册资本界定了投资者对企业承担的最大偿债责任；实收资本是指投资者按照企业章程，或合同、协议的约定，实际投入企业的资本，即企业收到的各投资者根据合同、协议、章程规定实际交纳的资本数额；投入资本是投资者作为资本实际投入到企业的资金数额（可能超出合同、协议、章程规定金额）。
一般情况下，投资者的投入资本，即构成企业的实收资本，也正好等于其在登记机关登记的注册资本。
公司注册资本登记管理规定:
第四条 公司登记机关依据法律、行政法规和国家有关规定登记公司的注册资本及实收资本，对符合规定的，予以登记；对不符合规定的，不予登记。
第五条 公司注册资本及实收资本数额、股东或者发起人的出资时间及出资方式，应当符合法律、行政法规的有关规定。

岂止是不合法啊!如果这家公司的财务工作做的如此混乱，那就不是仅仅用公司法就能调整的了。
建议你去经侦科报案吧！