我的虚拟主机上每个网站的文件的最后都被人加了代码

后台有漏洞!有人得到了最高权限!
也许对方已经获取了服务器的控制权webshell（否则也不会出现你的数据库名称会给对方修改的现象），你再怎么删除也只是徒劳，除非你把服务器所有分区全格了，再重装系统。如果是虚拟主机，则请联系空间商客服商讨解决方案。

是病毒代码么？

或者你把所有的网页文件下载后杀毒.可能是中了病毒了.是一些类似木马类的东西.下载后查查毒.有挺多木马病毒什么就可以用这个方法查出来.
另外就是严重的站点漏洞造成的.如果特别严重的屡屡中毒的话.建议换程序