公司注册资金有部分是无形资产,要想以股东撤资的方式撤出无形资产出资的部分,工商局方面手续怎么办,

首先，要明确这部分无形资产出资是否到位，即是否按照公司法和有关登记法规要求办理产权转移手续。2005年12月31日以前公司法及有关登记法规要求非货币出资的过户手续在工商执照下发之日起半年内办理，2006年1月1日开始要求先办理非货币财产的产权转移手续才能算作出资。如果是在老公司实行期间在注册后没有在规定期间内办理产权过户，工商部门会作为出资不到位或者虚假出资进行处罚。如果是新公司法实行后没有办理产权过户，有可能是工商登记时没有严格执行公司法。
　　如果确实是已经办理产权过户的无形资产股东想要撤资，应该按照公司法第178条、公司注册资本登记管理规定（工商总局2004年11号令）、公司登记管理条例（2005年国务院令第451号）等法律法规的要求办理减资手续。如公司法第一百七十八条规定， 公司需要减少注册资本时，必须编制资产负债表及财产清单。
　　公司应当自作出减少注册资本决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，有权要求公司清偿债务或者提供相应的担保。公司减资后的注册资本不得低于法定的最低限额。其他法规请你自己查找一下， 具体的撤资手续如是否（或者何时、以何种方式）拟定减资决议、审计、验资、工商变更登记等操作细节问题应该到注册地工商部门咨询。
　　即使原来出资时或者出资后与无形资产相关的税收没有问题，那么减资过程中如果发生资产价值的明显变化，即股东会因为减资行为产生利得的情况下，一般会涉及税收问题。
　　（在工商登记和会计师事务所的操作实务中，对于没有在规定期限内办理产权过户的无形资产出资，工商部门也会在权限内给公司一定程度的豁免，即忽略无形资产出资的时间真空，让公司找事务所出具“替换出资方式”的变更验资报告，即修改公司协议、章程，将原来规定的无形资产出资方式改为货币出资方式或者是不需要办理产权过户的非货币出资方式。）

对于税务方面是没有什么影响的.对于减资行为.你们要上会计师事务所做审计.做后再验资.然后再上工商行政主管部门做变更登记.然后是税务部门及期他主管部门.

需要到工商部门以股权转让方式变更 变更后组织机构代码证也要变更 然后变更税务登记