我父亲有祖传治疗咳嗽密方，没有规范有效的文字材料，能申请专利吗？如何申请？

祖传秘方本身是可以申请专利并且获得专利权的，但是我不建议您申请专利。
专利是以公开技术内容换取法律保护的，您在申请专利的过程中要公开配方、用量、制备方法、使用方法、有效量等等内容，使您无秘可保。

合法经营主要是通过进行药品注册，但只能以法人名义，而且费用极高，可能还需要临床试验，至少要几百万。

没必要搞什么专利来折腾自己，申请了专利，相当于公开了秘方，那些人会出卖你的秘方的。如果秘方中的药物没有毒性等成份，你们完全可以试着治疗相关病人，慢慢地你们就 医生的。如果愿意，可以点击我的网名，查看我的联系方式，我们可以共同探讨这方面的问题，因为我手中也有不少秘方。