物权法实施后农村集体的房子没有房产证是自己的么

是的，属于自己的房产，但是房屋使用土地是集体的。
一、所谓“小产权”是指在农民集体土地上建设的房屋，未缴纳土地出让金等费用，其产权证不是由国家房管部门颁发，而是由乡政府或村政府颁发，所以叫做“乡产权”，又叫“小产权”。
二、乡镇政府发证的所谓小产权房产，实际上没有真正的产权。这种房没有国家发的土地使用证和预售许可证，购房合同国土房管局也不会给予备案。所谓产权证也不是真正合法有效的产权证。
三、国家明令禁止小产权房不能买卖的，但是对于拥有小产权房集体土地的本村户口的居民来讲是可以相互转让的，对于外村的户口居民来讲是不能买卖的。

农村集体的房子没有房产证但所有权是属于自己的。

你的问题同物权法没有什么关系。
很多地方农村都没有房产证，但是只要有宅基地使用权、建房时有相应许可、一般在土地部门就是有登记的，产权可以得到保护。
如果是违章建筑，不管有没有物权法，都是一样的。