刑事案件导致重伤后如果采用司法调解后会留有案底吗??还能办到日本签证吗??

办法只能这样：

1.在公安机关没有立案之前，你们双方私自协商，如果协商成功，你们双方可同时向经办民警要求不需要公安机关处理，自行友好协商解决，然后赔偿一定的医疗费等相关费用后，双方签订协议书。（此举已违反了公安机关的办事程序，但实际操作中有很多类似的情况，具体看你们辖区派出所的工作作风。

2.你自己去和经办民警和派出所领导（或者政府关系）走动一下（封什么礼你自己想啦。。。），然后叫经办民警帮你做一下伤者的思想工作，建议对方协商处理，如果对方同意，那你就赚到啦^O^!!!

以上两种的处理结果都是不立案的，对你不造成影响，不会留案底的。
所以你办签证自然能办到，必要时最多再到你辖区派出所的领导办公室“坐坐”。。。。
祝你好运！