我有个案子,有俩个被告,一个是政府部门,

因为你没说案件具体情况,所以不好下个肯定的结论.
要具体看,如果你的案子符合以下条件,则肯定按行政起诉:
根据《行政诉讼法》第41条规定，行政诉讼案的起诉必须具备以下条件：

1.原告合法。原告必须是认为具体行政行为侵犯其合法权益的公民、法人或者其他组织。如行政机关处罚的是李某，那么就不能以李某妻子的名义起诉，只能以李某名义起诉。

2.被告合法。被告必须是行政机关或者法律、法规规定授权实施行政行为的组织，并必须指出谁是被告。如张某的营业执照被吊销，被告应是吊销其执照的工商管理局，而不是某位具体工作人员。

3.起诉的理由合法。必须有具体的法律依据，明确的诉讼请求和确切的事实依据。

4.符合受案范围和受诉法院管辖。起诉案件的受理范围应在《行政诉讼法》第11条规定的范围之内，投诉的法院也应是《行政诉讼法》所规定的有管辖权的法院。

你这个是民事案件 民告官你可要小心点啊
民事案件指发生在法律地位平等的民事主体之间的争议，当事人无法协商解决，而诉诸司法机关，请求由司法机关受理并就有关民事权利和义务进行廓清和界定的案件,主要指有关财产权益方面的案件如合同纠纷，物权纠纷等以及侵权行为而发生的纠纷，比如殴打他人致轻微伤害（如果伤害严重，则变成刑事案件了）,也包括婚姻、家庭等方面的案件。
刑事案件是指犯罪嫌疑人或者被告人被控涉嫌侵犯了刑法所保护的社会关系，国家为了追究犯罪嫌疑人或者被告人的刑事责任而进行立案侦察、审判并给予刑事制裁（如罚金、有期徒刑、死刑、剥夺政治权利等）的案件。
区别在于，民事案件一般遵循不告不理的原则，即，当事人不主动向国家司法机关请求，国家司法机关一般不介入干预当事人之间的纠纷。而形式案件一般都有国家刑事司法机关主动介入，受害人或者群众报案、举报后，公安、检察机关即会介入侦查。然后由检察院代表国家对被告人提起公诉，由法院代表法律进行制裁。

行政案子不好立案