在linux里面应用程序是不是必须放到特定的文件夹呢？

不可以，这样每次在启动时都要加载Windows的FAT/FAT32/NTFS分区，在读写上可能会造成兼容性问题；解决方法，可以再分出一个分区给Linux，使用mkfs命令进行格式化，并在/etc/fstab中填加记录自动mount上。