我们公司5月底出口一单，可否5月份做零申报，等报关单和核销单收齐后再做出口退税申报？

可以，我们公司一直都这样，基本上是3月出口的，5月申报入帐的．
本来要进行申报就必须要有核销单和报关单，没有这个你也不能申报啊，在出口之日后的90天内申报都可以的

有经营收入的不能零申报，否则会按隐匿收入（偷税）处理的。