U盘杀毒后，所有文件都变成.exe，打开时提示不是合法的win32应用程序

没办法，那些文件被病毒感染或者是覆盖了，江民也无论为力，如果江民没对那些文件报毒，你可以将.exe改为原来的扩展名，试试能否打开。如果不行，就只能节哀了。

建议格式化下U盘~

...比较简单的方法是导入一个别人的注册表。。。不过还是会有很多软件用不了。。。
比较麻烦的是重装系统。
现在很多病毒篡改了exe文件的指向，杀毒软件又不能全部修复。。。
只好重装了。。。

你改后缀名试试