mean by是什么意思？这里看起来很别扭，是什么用法？

没错，“What do you mean by…？〔你（说的……)是什么意思？〕”是个固定句型，意思就相当于“What's the meaning of…？”
你只要平时多造句就会慢慢习惯的。
如：
What do you mean by " tofu "?
= What's the meaning of "tofu"?

用法解析：mean A by B表“B是什么的意思” 这里 相当于mean what by 。。。by后是要解释的词 mean后是对要解释词的解释

by在此是一个表示方式的介词,
可以解释为"用...","由..."
这句话的意思,
你用JUNK FOOD这个词,想表达什么意思?

而about是”关于”的意思，
不用于此处．

是句型

翻译：你认为垃圾食品的含义是什么？
what do you mean by junk food?
= What's the meaning of junk food?
=What does junk food mean?

what do you mean by固定句型，你觉得/认为...是什么意思？”

"你说的...是什么意思?"

的意思