两个iPod可以共用一个iTunes软件吗？

完全是可以的，不同iPod接上电脑，iTunes会自动识别。

然后手动传输歌曲和自动传输歌曲的设置是保存在iPod里面的。

也就是说一部iPod可以设置为手动，一部可以设置为自动。

iTunes不单单支持两台iPod, 很多台iPod都可以在同一个iTunes里面用。

可以的。
我的两个IPOD就是用一个iTunes管理的。
要点在于在iTunes里面不要设置成自动同步，否则两个Ipod的曲库就一样了。

当然可以了。建议设成手动管理（自动的话，最好是选择仅同步所选播放列表，不过这样也有不好的地方，一些预设的智能播放列表就不会自动更新了），并为不同的iPod建立不同的播放列表（不是文件夹，即使在文件夹下再建立播放列表，传到iPod里以后也不会做区分，而是把文件夹当成唯一的一个播放列表存放），这样管理起来就会方便很多。