软件在注册表里注册了什么文件？

允许它运行，导入了.dll，.oxc等文件以及各种软件的信息，允许使用某些系统文件（.dll，.oxc为主，看软件不同而不同咯，很多啦，几乎你能见到的东西都经过了注册表，比如桌面的图标的路径就要通过注册表。绿色软件只是向注册表里写入的东西比较少而已，它带上少量的.dll等文件甚至没有（都用系统的），但至少也要写个允许运行的。
你的问题问得比较玄，有什么不明白的补充下问题吧。。。

看你使用的什么软件,有的软件会通过注册表来到达注册,
有些软件却不需要通过注册表注册...

呵呵，什么文件也没有注册，他们在注册表里写入各种各样的值。这些值代表软件的类和文件。一个软件要运行，最少应该有路径值，就是你这个软件装在那里了。它会被写入注册表。