投标人已按照招标文件规定进行投标，而招标人以其为领图纸而将其废标，请问其做法是否合法？

不合法。
因为这是投标人的权利，而不是义务，只要投标人按照招标文件规定购买了图纸，领不领取并不是关键。
另外，在招标文件中如果没有将不领取图纸作为废标条件，他们废你的标，是不合法的。
即使在招标文件中将不领取图纸作为废标的条件，也是不合法的。因为没有任何法律法规规定说投标人不可以花钱不取得图纸。可以将异议提交给当地建设主管部门（招标办）以及纪检、市长办公室等等。
要闹就闹大，最好暴光给媒体。

相反，如果投标人已经购买图纸，而招标不提供图纸，则招标人的做法也是不合法的。