进料加工手册出现先出后进的情况，问题大不大．海关会怎么处理？我在大连的．

肯定罚款了，在开发区海关还是大窑湾？

到海关说明情况，获得理解和同情，补办手续。如果就要罚款，就认罚吧，请他们吃饭的钱都够罚款了。可以说是以前节余的废料重新利用了，这样的后果可能是降低你们的损耗。