总公司和分公司不在同一县市,分公司的流转税应通过什么方式缴纳到分公司所在地的税务部门?

分公司的流转税是基于分公司有经营收入，开具增值税发票是其中的一种形式。
总机构和分支机构不在同一县市的，应当分别向各自所在地主管税务机关申报纳税：经国家税务总局或其授权的税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地主管税务机关申报纳税。
总机构和分支机构不在同一县市，但在同一省、自治区、直辖市范围内的，其分支机构应纳的增值税是否可由总机构汇总缴纳，由省、自治区、直辖市国家税务局决定。
不在同一县市的总分机构间的货物流转应缴纳增值税。