我的的系统文件夹有木马程序如果杀了会不会连系统一起杀

会，如果是你的某些系统文件感染了病毒，杀毒软件会把这个感染病毒的文件一起删除，因为目前大部分杀毒软件都是以删除为杀毒方式的。
但你放心，重要的系统文件，杀毒软件是不会杀掉的，运行中的染毒程序也不会给杀掉。