当年侵华日军为什么会自称为“皇军”呢？

“皇军”是一直到二战结束前日本军队对自己的称呼，他们还逼迫占领地的人民对自己这样称呼，意为“天皇率领的军队”，战后小日本没了军队，这个名称自然也就没有了。
你说的那个“太军”实际上是“大君（たいくん）”这个词的大致汉语发音，是“幕府时代将军”的意思。二战时很多汉奸都用这个词来巴结它们的主子。
http://zhidao.baidu.com/question/20558231.html--参考

诶,总之一句话,因为他们是“天皇”的军队所以叫什么皇军。不管他叫什么，只要他敢再打我们，我们就灭掉他。

天皇的军队，自称皇军。

以前日本军队到哪里都要强奸妇女，所以叫黄军，现在不行了，只能自慰，所以叫自慰队。自慰就是日自己，所以他们叫日本人
哇靠 贼经典 还是 这位 仁兄高见

因为日本信奉天皇 所以日本的军队就是天皇带领的军队 所以叫“皇军”

日本不是有天蝗吗？天蝗的军队所以叫蝗军。