税务局说“2001年11月”的税没交，要补交，还要算上滞留金，合理吗？

如果你确实是2001年11月的税没交，确实是要补交并加收从2001年11月11日起到你交纳那天为止、这中间的滞留金。
滞纳金按天加收万分之五 即（200*万分之五）/天

中华人民共和国税收征收管理法
第三章 税款征收
第三十二条 纳税人未按照规定期限缴纳税款的，扣缴义务人未按照规定期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。
http://www.chinatax.gov.cn/n480462/n480513/n480979/n554064/996229.html

补充回答：这确实是你们税务局的失职。在我们这里，申报期最后一天的下午3点，如果有企业还有没申报的，税务专管员就要打电话催报了，有的税务局最多也是等1-2天；因为他们也要考核的，和奖金挂钩。
你可以提出你的意见，一般会少罚一点。如果他还是要按照制度罚，你可以将情况反映他们局长。根据我的经验，级别越大，越讲道理。
当然，你要有专管员以后可能报复你的思想准备。