急急急，高手请教一下

公司月营业额在350万元左右，早就应该向税务局申请增值税一般纳税人.
根据国税发(1994)59号文规定:“对符合一般纳税人条件但不申请办理一般纳税人认定手续的纳税人，应按销售额依照增值税税率计算应纳税额，不得抵扣进项税额，也不得使用增值税专用发票。”
由此，税务局可以按照你单位的应税销售额，按照17%或者13%的税率征收增值税，而且不得抵扣进项税。
现在也没有什么别的办法，叫你们老板及时去税务局沟通沟通，也许可以适当减少对你公司的处罚力度。

检查是否申请办理一般纳税人认定手续不是税务稽查队的责权范围，税务稽查队来查帐，应该和那没有关系。
税务稽查队来查帐，一种是抽查，只要你按照税务规定处理帐务、交纳税金，那是没多大问题的；另一种是有人举报你们公司，这种才是最可怕的。一般举报人手里都有一定的证据，你们要观察细想一下当时他们问你们一些什么问题，要查的少不了和这些方面相关。
因为要给举报人一个交代，税务稽查队查起来很仔细的。看你们如何应对了。