增值税发票已开但收方单位不承认已收此发票，拒绝付款。这该如何处理？

如果你确实寄出了，而对方收到了，但就是不承认的话，只能起诉了，用法律保护你们企业。
快递底单还留着吗？如果有底单的话，可以让快递公司查一下，对方是否签收了此快递；
你的电脑开票系统中可以查到你所开过发票的信息，让金穗公司的人帮你查一下，因为我看到你写的是06年的，可能时间太长了，我们自己查不到，只能让金穗的人来查；
或者请你的专管员直接找对方的税务局的人，来协查一下。

1、要求对方出具未抵扣证明
如果对方以各种理由说不能出具，那么就是有鬼了

2、请税务专管员帮忙，向对方税务局要求协查

另外，是金税卡，不是金穗卡，呵呵。

知道吗?一般而言,所有的票都会集中到国家中心比对,如果你开出去了,对方说没有,他们的税务局也会找他们的问题的.这个不是说对方公司没问题就可以的事.

你可以找航天信息的查一下.

还可以查一下快递公司的签收底子.

以后注意要经常对帐,然后,不要对这些不良客户赊销.

记住，增值税发票收没收到不是你们客户不给你们公司钱的理由。
从法律角度来说，发票只是一项辅助证明，真正对你们公司有用的是发货记录和收货记录！

去领发票的税务局查询.