这样的协议书有效吗？

我05年从大学毕业来到一家国有控股的工厂，进厂前，签定了份协议书[厂子拿给我，让我签字，内容是厂子拟订好的，最后在底角（签字内容之下好远的角落）注明是合同内容的一部分]，协议书上规定，试用期后，必须在厂子服务5年以上，以各种理由提出辞职的需交纳违约金一万元。随后三个月后，当我有离开的意思时，厂子让我签了份空白合同（我只写了自己的基本情况，并在最后签字，按手印，交了20元的合同鉴定费用），然后到现在，我也未见那份所谓的合同。
现在，因为年初对领导安排的新岗位不满，随后联系到新的单位，现在想离职，我递交了辞职报告，经分管副经理签字，总经理批准同意辞职。
但，现在当我提出掉走我的人事档案时，厂子让我交违约金，
现在，我想问的事，这样的协议书有效吗？合同有效吗？
我该交一万的违约金吗？
问题补充：1.如果，我实在交不出钱，厂子扣押我的人事档案，合理吗？
2.所签的协议有效吗？厂子现在要我交违约金也是依靠协议，所签的合同应该是鉴定过的（我没有见过，但交过鉴定费），协议没有鉴定过，这样的协议有效吗？能说明什么问题？来厂的员工都签署过这样的协议，这样的协议算强制性协议吗？
3.我如果再次和厂子交涉，厂子如果仍然扣押我的人事档案，我可以通过怎样的法律程序来维护我的权利？
4.我向公司递交了辞职申请，公司总经理已批准我辞职，这意味着什么？我和公司的劳动关系还存在吗？公司如果强行不给我办理同意掉入下一单位的手续，我该怎么办？
5.如果真的要交钱，所签协议上面所规定的一万元，可不可以少交一些，可不可以按照实际的来核算？

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