为什么在我填报专科志愿的时候看见一个学校有两个商务日语专业？

有可能是文理科不同造成的。或者是相同的专业在就读后有不同的分流，就是专业更倾向于哪类工作。比如英语专业就可以在学习一段时间后专业分流为“旅游英语”或者别的什么。一般这样的专业设置报考志愿的书上都会详细说明的（这个代码的专业以后更倾向哪类工作）。其实大部分的学校都有相同专业的不同代码，主要是文理科不同，志愿代码就不同了。