海关是不是不允许保税材料的不良品与厂商交换的？

保税材料的不良品与厂商交换，海关是允许的，但要办理相关海关手续（具体到海关查询）。你们公司的报关员所说的办法表面上可行，但是，这样做毕竟是严重违反海关管理规定的行为；你们是新企业，海关百分之百会下厂核查，一旦发现问题，接着就是海关缉私局介入……