两年的java编程经验，无日语基础，是理工科非计算机专业，想通过赴日java软件工程师班去日本，可以吗

可以！
“赴日java软件工程师”前提是要对软件工程感兴趣，你有两年的java编程经验，说明你没问题！
语言其实是一个环境的生存技能，如果你想，没有什么困难克服不了，祝你成功！

没日语三级就不要说了，这是必须前提。