清澈的雨水有没含有害的物质？

这个真的不好说，要看当地空气悬浮物，大气质量的。不能笼统的得出一个结论。
一般：Cl-、NO3-、SO42-、Na+、Mg2+、Ca2+及NH4+,SO3+等等

是不健康的，不要饮用。
空气中有很多有毒的气体，是可以溶于水的，比如二氧化硫，溶于水后变成有毒的物质，对身体非常不好

这个真的不好说，要看当地空气悬浮物，大气质量的。不能笼统的得出一个结论。
一般：Cl-、NO3-、SO42-、Na+、Mg2+、Ca2+及NH4+,SO3+等等
还是最好不要应用啊

有啊，就连自来水也有，何况雨水（自来水也不能直接喝）

决大部分是不能的。