请问是否可以在一个地方注册两个自考准考证

这当然是不行的。如果查出来更麻烦。可能会吊销你考试资格。

专科违纪”是什么意思？如果不是大问题，估计就停考一两次或是延迟发专科毕业证。

这应该也会影响到你本科的毕业时间的吧。劝你打电话去当地自考办问一下。不要误了前程。