运输公司帐务，公司的车辆都承包出去了，运输发票由公司开具，收取手续费及相关税金，应如何进行会计处理

你这样就是公司由运输业变为租赁资产给别人使用了，运输发票也不该你们开！实际使用车辆人来开，你应该向税务机关申请租赁发票了！当然实际中你老板估计也不会同意！租赁营业税可比运输的高啊！
建议！承包人向你索要运输发票时必须得给该车辆的油费发票来冲抵，和折旧费等构成成本！想再做的好点，就编假工资表，要承包人签字，按照你公司的员工来对待！
你现在不是多交少交所得税的问题，而是偷漏税，连适用税目都不正确了！租赁要按租赁收入的5％交纳营业税的！