我单位征的地一直未用，农民就在上面修了房子（未办理建设手续），请问该由那个部门向法院申请强制拆除

现在国家队与强制拆迁管理十分严格，也比较谨慎，一般不得以的情况下是法院和拆迁部门都不会去牵制拆迁了，因为涉及到严重的社会问题。

　　给你参考一下：
　　为了依法规范城市房屋行政强制拆迁行为，维护拆迁当事人的合法权益，保障城市建设项目的顺利进行，根据《城市房屋拆迁管理条例》、《吉林省城市房屋拆迁管理条例》及建设部《城市房屋拆迁行政裁决工作规程》的规定，结合本地实际情况，特制定本办法。
　　一、凡涉及城市基础设施、社会公益事业、土地收购储
　　备、旧城改造、棚户区改造和县重点工程项目等建设项目的房屋拆迁，拆迁人对被拆迁人的补偿安置已达到文件规定的上限标准，但被拆迁人在房屋拆迁过程中横加阻挠、无理取闹、制造事端、索取高额补偿，无正当理由拒绝搬迁，经当事人申请由房屋拆迁管理部门裁决，被拆迁人或者房屋承租人在裁决规定的搬迁期限内仍拒绝履行搬迁义务的，由县人民政府责成有关部门强制拆迁，或者由房屋拆迁管理部门依法申请人民法院强制拆迁。
　　二、 房屋拆迁管理部门在申请强制拆迁前应当组织听
　　证，在组织强制拆迁听证后，需要强制拆迁的，在向县人民政府申请前，房屋拆迁管理部门领导班子要集体讨论决定后方可提出申请。
　　三、 房屋拆迁管理部门向县人民政府申请强制拆迁时，
　　应当提供下列文件：
　　（一）强制拆迁申请书。申请书载明申请人、被申请人和拆迁人情况，申请的事实、理由、法律依据、申请的事项等；
　　（二）裁决前的调解笔录和裁决书；
　　（三）被拆迁人不同意拆迁的理由；
　　（四）拆迁公告等程序文件；
　　（五）有关证据材料；
　　（六）被拆迁房屋的证据保全公证书；
　　（七）拆迁人提供的安置用房，周转用房权属证明；
　　（八）补偿安置资金存入专户资金证明；
　　（九）被拆迁人拒绝接收补偿资金，提供补偿资金提存证明；
　　（十）其他的必要材料。
　　四、决定强制拆迁的，须做出书面强制拆迁决定。房屋拆迁管理部门应当在强制拆迁前15日书面通知被拆迁人。拒绝接收的，可以依法留置送达。
　　五、行政强制拆迁由房屋拆迁管理部门依法申请人民法院强制拆迁或者由县人民政府责成建设、