被军校录取后.复查通不过怎么办？

这事不好说，我具体也不清楚。但看条列好像军校有权利退回。既然复查的是高考成绩，如果那没什么问题，应该没什么问题的。
这既然由学校控制，那就要看到学校后，学校的态度了。
军校招生"完全手册"--复查
《中国人民解放军院校工作暂行条例》规定："学员入学后，由院校进行复审，不符合条件的，院校有权退回。"
考入军队院校的新生在入学后需要复查的主要内容包括：政治、文化、身体。政治思想品德的考查侧重于考生是否愿意献身于国防事业，是否热爱军队和所学专业；文化方面的考核侧重于考生的基础文化知识，确认考生的高考成绩是否真实；身体方面，按照军校学员体格检查标准进行。所有考核与复查的条件或标准，均与考生录取时的各项要求相同，不会另立标准或提高标准。新生入学3个月，经复查合格者可以取得学籍和军籍，办理登记注册手续后，成为所在院校的正式学员，从入学时间起计算军龄。所在院校发给一式两份《参军证明书》，分别寄给考生原户口所在地的县（市、区）人民武装部和学员亲属，以此作为军属证明。对于复查不合格的考生，将按照《军队院校学员淘汰实施办法》中的有关条款执行，退回考生原户口所在地，档案移交考生原所在省、自治区或直辖市招生委员会办公室。对于其中符合地方相应院校招生条件，且地方院校同意接收者，由军队院校办理转学手续。
考入军队院校的新生在入学后需要复查的主要内容是，政治、文化、身体、政治思想品德的考查依据政审条件，侧重考生是否愿意献身于国防事业，是否热爱军队和所学专业；文化方面的考核侧重于考生的基础文化知识，确认考生的高考成绩是否真实；身体方面，按照军校学员体格检查标准进行。所有考核与复查的条件或标准，均与考生录取时的各项要求相同，不会另立标准或提高标准。
复查工作按规定在新生入学3个月内进行。