请问网站在北京市工商局网站备案和信息产业部备案是一回事吗?

不是一回事，一个是工商的关于你这个网络公司的经营许可证书之类的备案，一个是信息产业部批准你开设这个网站的电子备案，不是一码事。

补充：我不是干这方面工作的人，所以具体的我也不能给你解释清楚，但肯定不是一码事，要分开办理，而且都要办，到工商局的服务大厅咨询办理就行了。