拥有硕士学位,本科毕业证书在国内不认可,就业有没有影响?

没有影响的。
如果要说有影响，只有一种情况：就是你要考取国家公务人员，国家不认证的学位可能有一定影响。

其他的一般没有问题。况且你又有硕士学位，没有人会在乎你本科的情况了。

有影响——但是如果你有能力又另当别论。