出租厂房，可是却跟对方股东签约协议......

应把合同签字方做为开票对相，如果开票对相与合同不统一可以视为虚开发票是违规的，如果该股东是以租用厂地的使用权为入股条件的话，可以入账，税务局会接受。

租房发票应该是开给对方公司，不能开给个人的