南京条约中说:英商进出口货物交纳的税款，"中国须同英国商定"不是本来就要两国商定的吗?为什么这么说??

不是这样的。
每一个国家都有关税主权，简单地说，就是可以自主制定关税的税率，这是不需要跟别的国家商量的。
举个例子说：假如中国对日本进口的小轿车征收45%的关税，这应该是在《中华人民共和国进出口关税条例》中明确规定或是在相关的税则中明确规定的，难道我们制定这个法律还要事先跟日本人商量一下？
老师说的对，那时的清政府就是丧失的关税主权。

其实你可以反过来想一下，外国人制定关税会跟中国人商量吗？

不是这样的。
每一个国家都有关税主权，简单地说，就是可以自主制定关税的税率，这是不需要跟别的国家商量的。
举个例子说：假如中国对日本进口的小轿车征收45%的关税，这应该是在《中华人民共和国进出口关税条例》中明确规定或是在相关的税则中明确规定的，难道我们制定这个法律还要事先跟日本人商量一下？
老师说的对，那时的清政府就是丧失的关税主权。

其实你可以反过来想一下，外国人制定关税会跟中国人商量吗？

呵！
本来，税款应该有中国决定的，但是现在要与英国“商定”，但这商定其实也是话事权也在英国手上（英国的强大，中国不敢不服从），因此实际上，就是由英国莱定关税，因此中国丧失了关税主权。