应该找哪个司法部门

如果你是雇用你的同学看店，而职责就是收银，那么就是职务侵占，可以到经济侦查大队报案。
如果你只是临时叫他帮忙看店收银，那就只是普通的侵占，是自诉案件，收集证据后向法院自诉，，警察的做法就没有错了。

你报警时应该说你是雇佣你的同学看店，然后他把你的经营款偷跑了，你就这么说警察就会立案了。

现在都是不破不立...