个人交纳公积金和养老保险应不应该在应税工资总额中扣除？

应该的.
如果是公司给交的话.有可能为了省钱,而在工资表中少报职工的工资,以前我那家公司就是这样.每个人按最低标准给上的.

个人取得工资薪金所得是允许扣除个人交纳公积金和养老保险后，再计算缴纳个人所得税。

应该，这是税务上允许的。而且对公司来说可以多列成本

当然应该扣除。