税率不一样，报表怎么填？

建议你跟税务主管部门协商 让他们确定你属于哪种销售行为

个人认为 同属于增值税范畴 申报时候应分开2个项目来填写

按照你所说的这两种情况
货物销售发票4%是属于商业企业中适用的增值税普通发票
加工修理发票6%是属于工业企业中适用的增值税普通发票

两个税率，4%，6%
两种主营业务收入，
分开填报。
要填两张主表。

公司主营有销售和加工修理等劳务的税务局就会核定两种税率，货物销售属于“应税货物”，加工修理修配属于“应税劳务”，只需要在纳税申报表应税项目上分两行分别列出，并分别按相应的发生额及税率计算交纳税金即可，当然不能都填销售收入总额，那样等于有一部分重复交税了，也不可能用加权平均的方法计算。
如果当月没有发生应税劳务，只有销售货物你就只按4%交增值税，反之，没有销售货物，只发生应税劳务，就按6%交增值税。

你可以用加权平均 再汇总