辞职了工作成果版权到底属于谁?

如果是利用公司资源在工作时间包括回家加班设计的成果（该设计内容是在公司业务范围内）属于职务作品，该成果的版权属于公司。
职务作品是指公民为完成法人或者其他组织工作任务所创作的作品，应归法人和其他组织享有的著作权是指：“1、主要利用法人或者其他组织的物质技术条件创
作，并由法人或者其他组织承担责任的工程设计图、产品设计图、地图、计算机软件等；2、法律、行政法规规定或者合同约定著作权由法人或其他组织享有的；

根据你所说的，该作品应该是职务作品，根据著作权法：
公民为完成法人或者其他组织工作任务所创作的作品是职务作品，除本条第二款的规定以外，著作权由作者享有，但法人或者其他组织有权在其业务范围内优先使用。作品完成两年内，未经单位同意，作者不得许可第三人以与单位使用的相同方式使用该作品。
有下列情形之一的职务作品，作者享有署名权，著作权的其他权利由法人或者其他组织享有，法人或者其他组织可以给予作者奖励：
（一）主要是利用法人或者其他组织的物质技术条件创作，并由法人或者其他组织承担责任的工程设计图、产品设计图、地图、计算机软件等职务作品；
（二）法律、行政法规规定或者合同约定著作权由法人或者其他组织享有的职务作品。
所以不管怎样，公司还是有两年的专有使用权，你擅自删除软件的行为似乎是不合适的，可能要承担责任。