请问我司为小规模纳税人,请税务代开专用发票时已缴纳税款,月底网上申报时，怎么填申报表,

不知道你们税务国税申报表（小规模纳税人）和我们是否一样。
我们这里，如果请税务代开专用发票时已缴纳税款，那么在网上申报时，在“已交税金”一栏填写已缴纳税款数，“应交税金”即为0，这样就不重复了。
你可以仔细看看你们的申报表（主表）。