以国外支付服务费,1000美元以下,要代交税吗

需要，但是不是营业税，而是企业所得税。银行是不负责审核税单的，但是你们要自行向当地税务局申报源泉扣缴，你们是对方在国内开展经营活动的税金的代扣代缴义务人，所以一定要申报缴纳。税率一般是合同标的的20%。