为什么PH3.5时进行电泳分离核苷酸效果最好

因为3.5的时候，磷酸集团全部都解离了，而碱基也不至于因被质子化而带电荷。此时聚核苷酸每1个核苷酸参基带一个负电荷，电荷/质量比相同，其迁移速率仅同受到凝胶的阻力有关。（只有对电荷/质量比相同的分子，其迁移速率才仅同受到凝胶的阻力有关）

分子量（聚合度）越大，阻力越大，电泳迁移速率越慢，依此原理可将聚核苷酸根据聚合度的差别依次分开。