固定资产清理科目年终可否留有余额

可以的。
这是企业会计制度所允许的，事实中也会有这种情况。
如12月份处理一项固定资产，已将其转入固定资产清理，可是这项固定资产的拆除比较麻烦，导致当年未拆除完毕，无法计算损益。
这种情况下“固定资产清理”科目在年终就会出现余额。